Thế nhưng, bên cạnh cơ hội là thách thức, khi những quy định của TPP dưới dạng quy định kỹ thuật, vệ sinh dịch tễ về kiểm dịch, kiểm tra dư lượng kháng sinh, cũng như các yêu cầu về nhãn mác bao bì, xuất xứ… sẽ gây khó khăn cho xuất khẩu thủy sản, có khả năng vô hiệu hóa lợi ích từ việc giảm thuế quan, thậm chí còn rủi ro hơn so với thuế quan. Thách thức này đã rất rõ, khi thời gian qua nhiều lô hàng xuất khẩu thủy sản bị trả lại do nhiễm kháng sinh cấm, vi sinh và các loại tạp chất ngày càng tăng. Mới hết quý III năm 2015, cả nước có đến hơn 540 lô hàng thủy sản xuất khẩu bị trả về, trong đó có doanh nghiệp xuất khẩu bị trả về đến 70 lô hàng. Do đó, nếu không chú trọng áp dụng thực hành nuôi trồng thủy sản tốt (VietGap) và các tiêu chuẩn quốc tế khác, các sản phẩm nông sản nói chung và thủy sản nói riêng sẽ bị loại ngay trên sân nhà, chưa nói đến xuất khẩu ra thị trường thế giới.
Được biết, từ năm 2011 đến nay, ngành thủy sản đã triển khai chương trình VietGap trong nuôi tôm và cá tra. Đồng thời, để đồng bộ giữa VietGap và các tiêu chuẩn quốc tế khác như GlobalGap, ASC, GSSI, BAP.., mới đây, ngành đã ký biên bản ghi nhớ với các tổ chức này về việc đánh giá lập bản đồ so sánh và công nhận hài hòa lẫn nhau, dự kiến trong năm 2016 sẽ tiến hành ký kết công nhận. Tuy nhiên, theo thống kê từ Vụ Nuôi trồng (Tổng cục Thủy sản), cả nước mới có hơn 686 ha của 75 cơ sở nuôi trồng thủy sản được chứng nhận VietGap, trong đó có 42 cơ sở nuôi cá tra với diện tích hơn 360 ha, 23 cơ sở nuôi tôm chân trắng với diện tích 233 ha, còn lại là các loài thủy sản khác. Nếu so với tổng diện tích gần 6.000 ha nuôi cá tra, tôm sú và tôm thẻ chân trắng hiện nay, thì con số trên quá khiêm tốn.
Để tăng cơ hội xuất khẩu vào các thị trường lớn, ngành thủy sản cần tiếp tục triển khai sâu rộng chương trình VietGap, nhất là chú trọng các biện pháp kỹ thuật, vệ sinh dịch tễ trong nuôi trồng, chế biến thủy sản; giảm chế biến thô và sơ chế, đầu tư nâng cao tỷ trọng chế biến sâu các mặt hàng có giá trị gia tăng cao; gắn việc chế biến, tiêu thụ thủy sản trong mối liên kết chuỗi sản xuất nuôi trồng, khai thác, chế biến, thương mại sản phẩm; giữ vững thị trường xuất khẩu truyền thống, phát triển thị trường tiềm năng mới nổi và thị trường tiêu thụ trong nước.